テーマカスタマイザーで、テーマ用のカスタム項目を作成していると、初期からある項目が邪魔になってきましたので消しました。
functions.phpに

//サイトタイトルとキャッチフレーズの項目を消す
$wp_customize->remove_section("title_tagline");

//固定フロントページの項目を消す
$wp_customize->remove_section("static_front_page");

で消すことができます。