WordPress3.3の日本語版が来ていたので、色々調べてみたところis_main_queryという関数が追加されていました。
軽く調べたところどうも現在のクエリーがメインかどうか調べられるようです。

例)

<?php
if(is_main_query()){echo "メインです";}else{echo "メインではないです。";}
?>		
<?php query_posts("posts_per_page=5"); ?>	
<?php
if(is_main_query()){echo "メインです";}else{echo "メインではないです。";}
?>

このように書くと、query_postsを実行する前(本来のクエリーで処理している場合)はメインです。と表示されて
query_posts等で本来のクエリーに変更がはいったループになった場合はメインではないです。と表示されます。
一瞬これは便利か?と思ったけど、使い道がいまいち思いつきません。
デバッグやチェック用でしょうか。