いつからか、テーマエディタから改行コード \n を含めてコードを記入すると編集後に n だけになって改行がされないという不具合に悩まされてました。
どうやらwelcartのバグだったらしく、最新バージョンでは直ったらしいので安心して作業してみると・・・直ってない。

どうもプラグイン編集の場合は修正されてたようですがテーマ編集の時のほうは直ってなかったようです。
詳しい修正方法は下記のページにのっていますが
http://www.welcart.com/forum/topic.php?id=498

usc-e-shop/classes/usceshop.class.php の1551行目あたりの

if( isset($_POST) && 1 !== preg_match('/plugin-editor\.php/', $_POST['_wp_http_referer']) ){

if( isset($_POST) && 1 !== preg_match('/(?:plugin|theme)-editor\.php/', $_POST['_wp_http_referer']) ){

に修正すればテーマエディタの方も直るようです。よかったよかった。